最近借由一次R包安装失败，我又重新收集了下关于编译的概念与知识，为了让下一次失忆的我不至于再折腾半天，就归纳到这里。
C语言源码编译运行过程是这样的：先预处理源码，调入模块，然后转换成汇编语言文件，汇编语言文件可以被汇编器转为机器码，然后通过连接器合并为可执行文件，最后加载到内存里运行。因为C语言是多数操作系统的基础，所以多数操作系统也自带对应的C编译器。更重要的是，C语言的库很丰富，也就是工具函数比较多，换别的就得自己写。这是很有意思的路径依赖案例，事实上任何语言都应该可以拿来写操作系统，不过C是在开发Unix时候设计出来的，现在流行的开发级操作系统都是unix/类unix操作系统，加上C在内存管理与CPU交互上的先天优势，历史机遇下成为了主流。
C的核心地位还体现在很多高级语言的编译器是构建在C之上的，或者是C++之上，多数高级语言都通过限制自由度（例如不让操作内存、功能模块化等）来实现上手容易与较高的开发效率，但只要关注程序性能，肯定回去学C或C++的。GNU的GCC编译器是一个相对通用的编译器合集，可以用来编译包括C在内的多种语言。然而，GCC也是有历史包袱的，所有有人就另起炉灶单独针对C或C++重写了效率更高的编译器及其后台，这就是苹果的LLVM项目与clang编译器。但要注意的是LLVM支持的语言不如GCC多，所以如果你还要用到fortain或java编译器，那就还是老老实实用GCC吧，或者cmake的时候分别指定编译器，只要你不嫌麻烦。一般而言，效率与性能往往不能兼得。
高级语言的编译过程跟相对底层的C或C++是不一样的，Java就是自己定义了一套运行环境JVM，编译出的文件也是JVM可读的，这就提高了Java的可移植性，降低了跨平台开发的难度，当然你得保证这些平台上可以运行JVM。其实很多高级语言是解释型的，REPL里可直接运行代码，但同样会有人为高级语言写编译器来提高运行性能，这个是按需求来。我个人感觉是用REPL的人一般是应用层的，关心有没有满足自己需求的函数；用编译语言的人一般是开发层的，关心软件工程及性能。然而，高级语言里如果打算提高运行效率，也会提供C或C++的接口让程序员可以通过外力来提高自由度。过度的功能封装实际也限制了高级语言的应用场景。
说到效率，自然少不了并行计算，openmp就是一种并行化方案，可以支撑C与C++。很多R包会通过使用 openmp 来底层加速算法，但这样的包一般都需要单独编译。目前GCC与Clang在编译器层其实都实现了对 openmp 的支持，编译时加上 -fopenmp 就可以。不过 mac os 自带的编译器是没有这个功能的，所以你需要 homebrew 来自己安装这些支持 openmp 的编译器然后在 .R/Makevars 里把默认编译器换成新的就可以了。
例如你装了llvm/Clang，可以写上：
CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
CXX11=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
或者GCC版（注意版本要对应）：
CC=/usr/local/bin/gcc-8
CXX=/usr/local/bin/gcc-8
CXX11=/usr/local/bin/gcc-8
或者更简单的方法就是不用并行计算，直接在.R/Makevars 里参数留空强制跳过对openmp的编译要求：
SHLIB_OPENMP_CFLAGS=
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=
同样的道理可以用在开发上，如果你编写R包涉及了相关并行计算功能，需要在src目录下创建Makevars文件来帮助用户提前配置编译参数，不过这方面我就没经验了。